中本贯通和本科的区别在于定义、包含范围、招收对象的不同。普通本科和中本贯通是本科教育的两种类型，它们的关系应是平行发展的。中本贯通是高职教育的一个层次，它同一般普通本科相比具有鲜明的技术应用性特征。
相同之处：
在培养规格上，中本贯通培养的不是学科型、学术型、研究型人才，而是培养适应生产、建设、管理、服务第一线需要的高等技术应用性人才。在培养模式上，中本贯通以适应社会需要为目标，以培养技术应用能力为主线设计学生的知识、能力、素质结构和培养方案，重视学生的技术应用能力的培养。
不同之处：
中本贯通与高职专科相比也有较大的不同。尽管高职都是培养第一线需要的技术应用人才，但应用本科出现以后，高职专科的具体培养目标和规格应当有所调整，与应用本科有所分工。
高职专科主要培养一般企事业部门的技术应用型人才，尤其是培养大量一线需要的技术人才。应用本科则主要培养技术密集产业的高级技术应用型人才，并担负培养生产第一线需要的管理者、组织者以及职业学校的师资等任务。
