韭菜长出来的茎有两种：一种是长在地面上的花茎，二是长在地下的营养茎。
花茎又叫韭薹，是植株顶芽通过感受低温和长日照条件发育而成。花茎高约30～40厘米，顶端生有总苞，苞内有花器官。鲜嫩的花茎是韭菜重要的产品，其风味鲜美，可作为一种高档蔬菜出售。目前专门有一类薹韭品种，其抽薹时间持续很长，抽薹数量和产量都比较多，可形成较高产值。
营养茎是一种鳞茎，长在地下，1～2年生时呈扁圆盘状，其顶端着生叶鞘，周围着生根系，顶端部位是韭菜新根、新叶的分生组织。随着株龄的增加和逐年分蘖，营养茎不断向上延伸，并呈杈状分枝，成为根状茎。根状茎不但是分生组织，而且也是韭菜植株贮藏养分的重要器官。根状茎越粗大，韭菜叶片越宽，生长势越旺。在韭菜收获前，以及停止收割的时期，必须培养出肥大的根状茎。如果茎盘能达到黄豆粒大小，那么就是较好的韭根，即可获得较高的产量。
