过氧乙酸为强氧化剂，有很强的氧化性，遇有机物放出新生态氧而起氧化作用，与次氯酸钠（又名84消毒液）、漂白粉等被作为医疗或生活消毒药物使用，为高效、速效、低毒、广谱杀菌剂，对细菌繁殖体、芽孢、病毒、霉菌均有杀灭作用。因此可用它来进行杀菌、消毒。
由于它有腐蚀性，必须按比例稀释后使用，否则会造成灼伤，它也不能用于人体皮肤消毒，一旦有过氧乙酸消毒液溅到皮肤上或眼睛里，应当立即用流动的清水冲洗，以免造成烧伤。
使用过氧乙酸时应防止损坏物品，不得用于精密仪器和锋利的器械消毒，擦拭消毒后立即用水擦洗干净。因其具有漂白作用，鲜艳的花色纺织品亦不可用过氧乙酸浸泡。
