一般来说，咸鸭蛋只是咸，不会出现臭的味道，咸鸭蛋发臭大部分原因是没有腌制好，可能腌制的时候或者腌制之前，鸭蛋外壳已经破裂，使得微生物细菌通过裂缝或者鸭蛋的气室进入鸭蛋内部，大量繁殖，从而产生二氧化碳、氨、甲烷、氮等有害物质，造成污染，最后生成硫化氢，使得鸭蛋发出臭味。
咸鸭蛋臭了不能吃，即使经过高温蒸煮，其中的细菌毒素和亚硝酸盐等物质仍然无法杀死，这时候的咸鸭蛋已经变质，食用不仅没有营养，还会伤害身体健康，建议不要食用。
可以观察咸鸭蛋蛋清的颜色，正常的未经煮熟的咸鸭蛋在打开后，蛋清呈透明白色，蛋黄是桔黄色或橘红色，如果打开的咸蛋，蛋清浑浊，蛋黄变黑，这种咸蛋就不能吃。
