基本上无痛肠镜是对身体无害，特殊情况除外。无痛肠镜在操作时时容易发生误吸和反流、呼吸道梗阻、出现低血压、心律失常、穿孔、出血等并发症。
一、无痛肠镜对身体的伤害
1、无痛肠镜检查对身体无害，能直接检查直肠疾病，通常体内息肉、部分良性肿瘤也是用内镜给予治疗，对身体的伤害几乎为零，不用担心。
2、痛肠镜检查前一定要评估心肺功能。因为患有心脏病和严重高血压的患者，在麻醉的情况下容易导致心脏问题，风险较高。
3、个别患有肠炎或肠壁较薄等疾病，加上操作不当就会引起肠穿孔、大出血等并发症。
4、因无痛肠镜要使用静脉注射麻醉药物，肠镜检查在麻醉的过程中进行，患者对麻醉药物过敏的情况下，可能引起血压下降、呼吸暂停、喉痉挛等症状。只要对患者密切关注及时处理，对身体无影响。
二、肠镜检查的注意事项
1、不要挤压腹部：为了更好地观察肠道，需要对肠道进行充气，患者出现腹痛不适，待检查完毕可以采取正当措施帮助腹部排气，切忌挤压腹部，更不能穿紧身衣服。
2、不能开车：检查完毕体内的麻药还需要一个代谢过程，患者不能马上开车及做一些危险性工作，避免发生意外。
4、不能立即吃东西：检查完毕肠道内的空气排除不干净，需要在4小时后进食。
三、无痛肠镜引发的并发症
1、反流与误吸：因麻醉时，容易发生反流和误吸，检查前尽量清理和吸引口咽部和气道。
2、呼吸道梗阻：发生口腔内分泌物、舌后坠或血液阻塞时，给患者加压给氧即可解除，严重的需要注射肌松药后加压给氧。
3、穿孔：肠壁比较薄的容易穿孔，如发现直接内镜下使用闭合，术后禁食并进行抗感染补液治疗。
