乙类乙管和乙类甲管的区别主要在于报告时限、隔离措施、区域管理以及交通卫生检疫等方面体现。乙类乙管是指将乙类传染病采取乙级管理措施，而乙类甲管是将乙类传染病采取甲级管理措施。国家采取乙类乙管的疾病多半是一些传播速度和致死率相对较低的疾病，乙类传染病一般不会出现大规模的传染和死亡。
报告时限
乙类乙管和乙类甲管报告时限有很大不同，乙类乙管的传染病应在24小时内进行网络报告，而对于乙类甲管的传染病，一旦发现病情，负责报告的单位要在发现后的两小时内进行网络报告。乙类甲管的传染疾病相对来说紧迫性较强，才能在发现后在更快的时间里采取相应的措施。
隔离措施
乙类乙管和乙类甲管的隔离措施是完全不同的，乙类乙管传染病会根据病情的严重程度，再采取必要的治疗和控制传播措施。乙类甲管传染病隔离措施非常严格，对于对疑似病人、病人、病毒携带者进行隔离治疗，并还要对疑似病人、病人、病毒携带者的密切接触者在指定场所进行医学隔离观察，这样做的目的主要是防止传染病大范围的传播。
区域管理以及交通卫生检疫
区域管理是指对传染病患者到达或接触过的场所进行对应的管理，乙类乙管的区域管理，是只限于传染病患者接触的场所内特定密接区域，包括密切接触的人员进行隔离观察。乙类甲管的区域管理，是对整个场所以及场所内的人员进行隔离观察。在乙类甲管传染病流行阶段，可以采取停工、停业、停课、限制聚集性活动以及封锁疫区等紧急措施。乙类乙管传染病不实施交通卫生检疫，不限制人们的出行，而乙类甲管传染病可以实施交通卫生检疫，对于到达过高风险地区的人群可以采取隔离措施。
