以下的几点是最重要的差别：
经文不同：
很多基督徒说圣经才是上帝所赐给我们的经文。后期圣徒说还有很多的经文，包括摩尔门径、教义和圣约、无价珍珠等。其实，圣经提到了一些圣经之外的经文，而约翰在启示录说将来还会有先知（而这样还会有经文）。圣经都没有说启示结束了。为什么要相信启示已经结束了？
宗教的称呼不同：
基督新教在我国国内指的是基督教，基督天主教是指天主教，耶稣基督后期圣徒教会指的是摩门教。天主教会是原始基督教会的直接延续和继承者，又称罗马公教，也就是普世大公教会。
教义不同：
摩门教：强调「罪」与「罚」、「天堂」和「炼狱」。基督教：强调「因信称义」、和神之间的亲密关系。
信仰不同：
基督新教：各教派都主张人不需行善功，只靠信德就可以成义得救。
摩门教：摩门教认为只有藉著归向耶稣基督，经由摩门教的拯救仪式才能得救。
