相同点：扫描电镜和透射电镜这两种设备都使用电子来获取样品的图像，它们的主要组成部分相同。不同点：1、利用的电子种类不同；2、观察的图像不同；3、样品制备要求不同；4、分辨率及其条件不同；5、成像原理不同。从样品内部结构获得信息，透射电镜是最佳的选择；从样品表面信息，扫描电镜是首选。
透射电镜：
全称透射电子显微镜，是把经加速和聚集的电子束投射到非常薄的样品上，电子与样品中的原子碰撞而改变方向，从而产生立体角散射。散射角的大小与样品的密度、厚度相关，因此可以形成明暗不同的影像，影像将在放大、聚焦后在成像器件上显示出来。
扫描电镜：
扫描电镜是一种介于透射电镜和光学显微镜之间的一种观察手段。其利用聚焦的很窄的高能电子束来扫描样品，通过光束与物质间的相互作用，来激发各种物理信息，对这些信息收集、放大、再成像以达到对物质微观形貌表征的目的。
此外，扫描电子显微镜和其他分析仪器相结合，可以做到观察微观形貌的同时进行物质微区成分分析。扫描电子显微镜在岩土、石墨、陶瓷及纳米材料等的研究上有广泛应用。因此扫描电子显微镜在科学研究领域具有重大作用。
