1、一氧化碳排放要求不同：国五的车一氧化碳含量是每公里1000mg；国六的车一氧化碳含量是每公里500mg。
2、字母表示不同：国五是用V表示；国六是用VI表示。
3、发布部门不同：国五标准发布部门是环保部；国六标准发布机构是环境保护部和国家质检总局。
4、控制水平不同：国五标准排放控制水平相当于欧洲正在实施的第5阶段排放标准；国六标准排放控制水平是防治压燃式及气体燃料点燃式发动机汽车排气对环境的污染，保障人体健康而制定的标准。
除此之外，“国六”采用了燃料中性的原则，即无论采用哪种燃料，排放限值都是相同的。而在原先的“国五”阶段，柴油机车型和汽油机车型的排放标准各不相同。
国六标准与国五相比，在排放标准方面，氮氧化物减少77%，颗粒物减少67%，引入颗粒数量的限值要求，并且加严了排放控制装置耐久性、车载诊断系统的相关要求。
国六提出了更为严格的合规监管要求，包括型式检验和信息公开、生产一致性检查、新生产车检查、用车符合性检查等，并简化了达标判定方法。
