功能性灭绝是一个生物学术语，是指某个或某类生物在自然条件下，种群数量减少到无法维持繁衍的状态；换言之，功能性灭绝指某物种在宏观上已经灭绝，但尚未确认最后的个体已经死亡的状态。
功能性灭绝是物种灭绝的前兆，当一个物种停止繁殖后，最终灭绝只是时间问题。因此功能性灭绝的物种被称作“僵尸物种”，其残存的最后若干个体被称作“活着的死者”，即无法产生后代而不可避免地使种群走向灭绝，甚至连其自身也无法维持生存。
导致物种功能性灭绝的因素包括但不限于：气候或环境变化，自然或人为灾害，饮食资源缺失，外来物种入侵，自身遗传缺陷，疾病，人类捕杀，栖息地被人类侵占、割裂、干扰、破坏、污染等。
功能性灭绝的物种比一般的极危物种更接近灭绝，是介于极危和灭绝之间的“准灭绝”。相对于直接宣告某物种灭绝，功能性灭绝是一个更加客观的描述，更能真实地反映某物种的现状。较为知名的功能性灭绝物种有斑鳖、白鱀豚、北白犀和野生华南虎。但在人类的及时抢救下，也有成功挽回的例子，如欧洲野牛、麋鹿、亚洲狮、朱鹮等。
