黄连具有清热泻火、清热燥湿、抗菌消炎、保肝利胆的功效，它在中医里配以其他辅助药物既适用于湿热证，也适用于火热证。黄连食用后，其主要成分黄连素不会通过胃肠道黏膜进入血液，而是停留在胃肠道中，由于苦涩作用会使黄连素在胃肠道中停留的时间增长，对消化道炎症的治疗效果明显。
《本草纲目》明确提出黄连泻火，是治病用的。慢性胃肠道疾病和慢性肝胆疾病的病人，都有消化道症状。长期少量服用黄连，确可有益于肝胆，并能使脾胃虚弱纳少便稀的病人食欲增进、大便变得稠厚，这就是益肝胆厚肠胃的意思。
1、清热泻火：黄连是一味大苦大寒的中药材，对于实热引起的胃火牙痛口苦、口臭以及面红、大便干硬、舌苔黄等热象，黄连均是适宜的泻火中草药。
2、抗菌消炎：药理研究显示，黄连当中含有的小檗碱，对革兰氏阳性、革兰氏阴性等细菌抑制作用，是一种广谱抗菌中草药，因而日常对于细菌引起的痢疾等疾病有一定的治疗效果。
3、保肝利胆：黄连还是一种保肝利胆的中草药，可以帮助肝炎患者降低转氨酶的活性，起到治疗作用。
