1、一般治疗：建立良好的生活习惯，避免烟、酒。无特殊食谱，避免个人生活经历中会诱发症状的食物。注意根据患者不同特点进行心理治疗。失眠、焦虑者可适当予以镇静药。
2、抑制胃酸分泌药：一般适用于以上腹痛、上腹灼热感为主要症状的患者，可选择H2 受体拮抗剂或质子泵抑制剂
3、促胃肠动力药：一般适用于以餐后饱胀、早饱为主要症状患者。多潘立酮因长期服用不良反应大，现已少用于治疗了。
4、根除幽门螺杆菌治疗：对小部分有幽门螺杆菌感染的功能性消化不良患者可能有效，可试用。
5、抗抑郁药：上述治疗疗效欠佳而伴随精神症状明显者可试用。常用的有三环类抗抑郁药如阿授炬块翎米替林、选择性抑制5-羟色胺再摄取的抗抑郁药如帕罗西汀等，宜从小剂量开始，注意药物的不良反应。
6、中医中药调理：可在症状得到一定缓解后，改用中药调理，改善功能状态。
