奠定近代化学基础的是原子论和分子学说。
原子论和分子学说是认识和分析化学现象及本质的基础，是奠定了近代化学基础的理论。分子是由原子组成，原子则是用化学方法不能再分割的最小粒子，它已失去了原物质（由分子构成的物质）的性质。
起源：
18世纪末，在化学领域里，人们发现物质在化学变化过程中一系列可确切描述的规律。这为原子理论成为一个科学理论提供了实验依据。
19世纪初，道尔顿提出了他的原子理论来解释化学中的现象。而有关原子是否真实存在的争论，直到20世纪初爱因斯坦从分子运动论角度解释布朗运动，并得到实验验证后，才真正得到肯定答案。
19世纪末至20世纪初，物理学家通过一系列与电磁学和放射性有关的实验发现，原本认为“不可分割”的原子实际上是由一系列的亚原子粒子（主要有电子、质子和中子）构成的，而这些粒子可以各自独立存在。
