1、做水果酵素时，有的水果需要剥去水果外皮，要注意水果在剥皮之前要将水果洗干净后，晾干再剥去皮（剥皮时最好戴一次性手套），这样水果内部不容易被污染。
2、水果需要切块时，要将水果洗干净晾干后或用开水烫一下再切（快速烫），切水果用的案板和切水果刀都要进行消毒后使用。切片操作时，最好也戴一次性手套。
3、做水果酵素时，最好用制作酵素的专用桶，按照专用桶的使用说明规范使用，配糖、水果、水比例最好控制在1:3:10~1:1:5之间。如果提高糖的比例，口味会变得好喝，但不利于健康。
4、在做水果酵素的同时，要随时注意观察其它杂菌的污染，一旦在制作过程中稍有不慎，水果酵素会对身体起到相反作用，对身体健康造成一定的威胁。所以在制作时每个环节都要严格规范操作。
5、自制的水果酵素，很难控制到绝对的消毒，所以不宜长期存放，在制作后保存饮用时，要注意密封和保存期，要在做好后规定的几日期限内饮用完（一般在5天左右），避免饮品发生变质。
6、饮用自制的水果酵素时，要注意根据自己的身体情况控制饮用量的多少，不要相信一些传言，一天要喝够多少量才健康，要注意将做好的酵素保存在冰箱的冷藏室中。
