1、相较于动物源的有机肥和生物有机肥
植物源来源更安全，不用担心盐分及重金属的危害，同时也有研究证明秸秆类有机物料发酵后形成的木质素等物质对于土壤的活化和改良效果更好。
2、与化肥相比
植物生物有机肥的营养元素更为齐全，长期使用可有效改良土壤，调控土壤及根际微生态平衡，提高作物抗病虫能力，提高产品质量。
3、与农家肥、有机肥相比
植物生物有机肥的根本优势在于添加的的功能菌对提高土壤肥力、促进作物生长具有特定功效。
4、与微生物菌剂相比
植物生物有机肥包含功能菌和有机质，有机质除了能改良土壤，其本身就是功能菌生长繁衍的粮食，施入土壤后功能菌能快速生长并形成种群优势并发挥作用，而生物菌肥只含有功能菌，且其中的功能菌可能不适合有的土壤环境，无法存活或发挥作用；另一方面，植物生物有机肥比生物菌肥价格更为便宜。
