1、分子生物学实验室包括试剂分装区、样本制备区、扩增区、产物分析区。其中，试剂分装区为正压，其余三区为负压，从试剂分装区到产物分析区压力逐级递增。通过压力控制使室内保持一定的负压及压力梯度，防止污染物扩散。
2、免疫学实验室包括标本接收区、标本前处理区和自动化仪器区。其中，自动化仪器区可定性或定量检测感染性疾病相关项目，如乙肝五项、艾滋病、丙肝、梅毒等。
3、微生物学实验室包括标本接收区、标本前处理区、微生物培养区、细菌鉴定及药敏区、镜检区。主要仪器包括：两台B2生物安全柜、血培养仪、细菌鉴定仪、质谱仪、CO2培养箱、显微镜等。
三个实验室都应符合二级生物安全实验室建筑技术规范，因而有许多共同点：独立的空调系统、净化屏、气溶胶灭火设备、B2生物安全柜、独立的排风系统、洗手池等等。
