一、游戏支持平台上的不同：
海贼无双2支持的游戏平台为：PS3；PSV。
二、游戏角色上的不同：
《海贼无双3》一共可操作三十七人。游戏中除了特定的几个人物外，其他的所有角色都需要特定的解锁条件才能解锁。
游戏在前作《海贼无双2》的基础上新增加了以下几个人物，藤虎、萨博、多佛朗明哥、麦哲伦、路奇、莫利亚、伊万科夫。
三、剧情模式上的不同：
海贼无双2剧情模式对海贼王动画进行了高度的还原，游戏从动画中两年后剧情的冰火岛开始叙述，对动画中的经典场景和对白都进行了收录。
海贼无双3的剧情模式可以说是集“《海贼无双》系列”之大成，其跨越了当前漫画的整个故事，从路飞出航到最新的德雷斯罗萨篇都有所涵盖，因此是系列粉丝重温剧情的最佳模式。
