1、牙髓未清理干净
根管治疗时根管清理不彻底，根管内仍残留有活力的牙髓，在机械损伤、药物刺激和炎症等因素的综合作用下产生疼痛。
2、根管遗漏
牙齿根管系统非常复杂，某些牙位根管常有变异，若在根管治疗过程中有某个根管被遗漏了而没有完成完善的根管治疗，则可能成为病灶，导致残髓炎或根尖周炎。
3、根管消毒效果欠佳
细菌感染是导致牙髓炎、根尖周炎的主要原因，根管消毒效果欠佳，根管内仍残留较多细菌，可导致根管治疗失败。
4、牙齿劈裂
某些患者在根管治疗后选择充填补牙而没有及时做牙套修复，结果咬硬物后牙齿劈裂引起疼痛，但这时牙齿可能已经无法保留了。因此，做完根管治疗后的牙齿及时戴上牙套可大大减少牙齿劈裂的风险。
5、药物性疼痛
这与根管治疗所用药物本身的性质以及患者的个体差异有关。为尽量清除根管内感染物质，根管治疗过程中需要进行根管冲洗和根管封药消毒，个别患者会对临床常用的根管消毒药物反应明显，产生疼痛。
6、根管欠填
根管欠填时根尖封闭不良，组织液可渗入根管，导致根管内细菌繁殖，引起急、慢性根尖周炎发生。
7、由根尖周组织损伤引起的疼痛也是常见原因。根管清理及扩大时，激惹根尖的慢性炎症，使患牙发生急性根尖周炎。
