亚甲基蓝对鱼的危害不大。这种药物可以治疗很多鱼病，比如水霉、烂尾、车轮虫、小瓜虫等等，一般它的用法有两种，一种是单独兑成溶液后，将鱼儿放入其中浸泡，浓度为每升10毫克，浸泡时间在10-20分钟之间。另一种用法是倒入缸中，浓度为每升2-3毫克，每隔两三天用一次。
亚甲基蓝对于水生动物具有一定毒性，当使用浓度超过安全浓度范围时，会引起水生动物大量死亡。据研究表明，亚甲基蓝对糠虾幼体的安全浓度为0.029mg/L，对南美白对虾幼体的安全浓度为0.025mg/L，对高体鰟鲏等鱼类的安全浓度为0.96mg/L，对水丝蚓的安全浓度为2.64mg/L。
亚甲基蓝的正确用法
1、使用10mg/L亚甲基蓝水溶液浸洗10-20分钟左右，可以预防水霉病。
2、在池水中添加亚甲基蓝，让药物浓度达到2-3mg/L，隔天后再次使用一次，一共使用2次，可以有效治疗水霉病以及河蟹链壶菌病。
3、在池水中添加呋喃哒嗪（5mg/L）和亚甲基蓝（1mg/L），可以治疗鲤鱼水霉病。
4、使用2-3mg/L亚甲基蓝水溶液，每2-3天使用一次，连续使用3-4天，可以治疗无鳞鱼水霉病和烂尾病。
