1、不耐污，清理难。硅藻泥因为表面多孔结构的存在，如果是普通灰尘或泥土还比较容易清理，但遇到一些渗透性强的污渍，尤其是液体性的，很可能会因渗透过深而留下不可逆转的“疤痕”。
2、打理麻烦。全屋都做硅藻泥的话，墙面的积灰非常难清理，由于是泥，不能使用清水擦去，打理起来比较麻烦。
3、不耐磕碰。由硅藻泥的本质是泥，产品的稳定性差，性能柔软，强度比陶瓷产品差了很多。如果在使用中，被桌子或者比硬的家具碰到，墙面很容易出现破损，墙面的表皮会成块掉落，瞬间弄花墙面。
4、易吸水使得房间干燥。硅藻泥产品很容易吸水，防水性能又差，如果墙面有水汽，产品结构的物理反应，非常容易变软。将水汽渗透到墙体中，尤其是沙发墙，会让沙发一起潮湿，久而久之，容易发霉。特别是南方地区，例如江南地区的梅雨季节，不建议使用硅藻泥装饰墙面。
5、造价高。硅藻泥的装修成本比较大，比油漆、壁纸材料贵了好多，一平至少要一两百元。虽然商家宣传产品能使用二十年以上，但是由于产品的某些特性，让产品使用时间得到限制。而且后期房屋，需要二次翻新，墙面的铲除，增加了人工费用。
