化肥农药的过度使用是当前农业水源水污染的重要原因。为了减轻农业水源污染，要从源头防控，合理施肥、科学施肥、降低施肥量。从农田水利设施上进行减污相对简易可行，可以构建具有两套措施、四道防线的塘堰湿地——生态沟综合系统。
第二套措施及第二、三、四道防线
1、第二套措施： 是要建立生态草沟—小型(塘堰)湿地综合系统，而这套系统包含第二至第四的三道防线。
2、第二道防线： 是建立田边、田与田之间的田间草沟，在沟里栽种适宜的植物，但是不施肥;这样做可以淡化田里流出水中来的氮、磷等浓度，可以达到降解农业面源污染的效用。 一般条件下，长100米左右的草沟承接10～20公顷的农田排水，可以降低15%～25%的氮磷浓度。流程长的田间草沟，降解氮磷的效果更高。
4、第四道防线： 是建设骨干生态沟，水从湿地里流出来，经过骨干生态沟又起到降解氮磷浓度20%～30%的作用。 从田间到草沟到湿地再到骨干生态沟，氮磷浓度可降解70%～80%。
