1、保险性质不同。居民医保是非盈利性的;商业学平险是保险公司主办，是盈利性的。
2、参保条件不同。原患重大疾病或上一保险期内发生重大疾病医疗费赔付的不允许参加商业学平险;居民医疗保险对参保人没有身体健康等特殊限制，符合参保条件的各类学生儿童均可参加。
3、资金来源不同。儿童参加医保，除个人缴费外，财政还给予较大补贴;商业学平险的保费完全由个人负担。
4、保障范围不同。一是在医疗方面，医保的赔偿比例较低，学平险可以对自费医疗部分予以进一步补偿;二是学平险还包含身故和伤残责任，但医保没有。如果孩子发生意外事故或者生病，在儿童医保报销之后，家长还可以到本地同城保险公司按照学平险的标准进一步理赔。
