1、玩家将扮演Hero角色和Dark角色进行两种线路的剧情游戏，在游戏过程中，剧情会不断相互交织，对战，并以这交织的剧情让玩家更加深入地理解故事。
2、游戏也承袭前作的人工生命体Chao。进入Chao Garden的方法于有自由冒险舞台的前作不同；本作得在关卡中取得Chao钥匙、过关后自动进入，且往后可以在关卡地图中选择进入Chao Garden。本作的Chao更加丰富多样，三方分歧的种类、技能学习、生活行为、丰富的竞赛等等。同样可载入至VM中，展开属于Chao的小冒险。
3、 在游戏中，当你选择Dark时，培养一个Dark Chao，并使之不断进化，最后在Chao大厅会出现Dark Garden 同样的道理，当你选择Hero时，培养一个Hero Chao，并使之不断进化，最后在Chao大厅会出现Hero Garden。
4、选择Hero时，完成Tails' driving quest（Route101），Hero这边将打开迷你游戏Kart racing；选择Dark时，完成Rouge's chase mission（Route280），Dark这边将打开迷你游戏Kart racing。
5、 另一方面，由于暗影觉醒时当场击毁了一架防御机器人，政府因暗影和索尼克惊人相似的相貌而追捕索尼克，索尼克当然不甘就这么坐在监狱岛里，在老朋友特尔斯的帮助下脱离了监狱岛，并寻找着阻止幕后黑手蛋头的计划的方法。
