1、进入游戏设定语言，选择简体中文。这时博士会和你聊天，然后选择形象，输入名字。开场动画。搬完家，喵喵叫主角下楼，下楼后库库伊博士要带主角去找精灵。返回房间拿帽子和背包
2、出门走1号公路来到利利小镇，库库伊博士介绍卡噗鸣鸣，让主角四处找找。向前走遇到莉莉艾。走马哈罗山路，追到小桥，莉莉艾包里的小星云还是飞了出来，马上遭到了烈雀的袭击。走上小桥，闪光后主角和小星云坠落，被卡噗鸣鸣救起…询问岛屿之王，得到光辉石（重要道具），并拜托主角保守秘密。与莉莉艾一起回到广场，原来莉莉艾是库库伊博士的助手。
3、岛屿之王-哈拉出场。哈拉展现三个宝可梦：木木枭，火斑喵，球球海狮。库库伊给予主角宝可梦图鉴+训练家证。库库伊让主角回家找妈妈，回家途中遇见哈乌，第一次宝可梦对战就这样开始了！哈拉发现主角的光辉石，回到家里妈妈和喵喵都很高兴哈！第二天，库库伊博士带主角去参加祭典，老套路，先交主角怎么抓宝可梦，并给了主角10个精灵球，5个伤药
4、到达祭典现场，哈拉为宝可梦恢复后，主角再次与哈乌战斗（LV6皮丘，LV7木木枭）。对战结束后听到卡噗鸣鸣的叫声，哈拉给主角Z手环，可以将宝可梦的Z力量激发出来的神奇手环，哈拉和博士告诉主角可以进行诸岛巡礼（4个岛屿）收集Z纯晶，以获得诸岛巡礼冠军为目标。与莉莉艾道别回到家里。
6、到达博士研究所，博士在训练岩狗狗。进入研究所，博士将宝可梦图鉴升级为洛托姆图鉴。哈乌出现，博士介绍了诸岛巡礼，四个岛屿之王，7个考验。主角获得诸岛巡礼之证，前往训练家学校。
7、看着洛托姆图鉴，很快达到训练师学校。库库伊告诉主角要在训练师学校战胜4名训练师，并把学习装置交给主角。学校里能找到先制之爪，解毒药，伤药等，莉莉艾可以帮忙治愈宝可梦。战胜训练师得到学习机器01“自我激励”。学校大喇叭广播叫主角到学校二楼，原来是要打~老~师~雅琴老师（LV8小磁怪，LV9喵喵）不禁打，5个超级球入手。伊利马队长出现，说将在葱郁洞窟对主角进行考验。大喇叭广播主角毕业，众人相送。莉莉艾和主角一前一后走着，又提起了救小星云的事。遇到哈拉和哈乌，摸摸肯泰罗，哈拉离开了。
8、跟莉莉艾和哈乌一起前往好奥乐市，先到海边搭讪比基尼美女。与哈乌一起在询问处获得“宝可搜索镜”，洛托姆图鉴可拍摄宝可梦啦。询问处每天抽奖，有宝可梦ID符合的就有好礼物。出来后遇到莉莉艾，寒暄几句后，莉莉艾去了时装店。大叔喊住主角，教主角使用宝可搜索镜，还能根据大家的评论升级。来到时装店，莉莉艾给主角隐形眼镜盒，进店转了转，试衣间可以换装和换彩色隐形眼镜，帽子…前面理发店，可以打理发型和染发。
9、前往市政厅，有人在谈论骷髅队在港口区出现，前往港口区，遇到伊利马队长。
10、走2号道路到达好奥乐墓园，可以找到招式机器100“密语”。向前遇见信使鸟，带主角来向树果园。打败骷髅队，树果园大叔送主角橙橙果，树下能捡3个果子。
11、葱郁洞穴的PC中心门口遇见哈乌，跟着哈乌进入PC中心。哈乌给予主角三个活力碎片。中心里有蜜月女孩求助你在3号道路抓萌虻，抓到可回来领3000元。咖啡台点饮料后每天可得到免费小甜点。
12、前往葱郁洞穴进行考验，再去大洞穴取得Z纯晶，洞穴中可找到技能机器31“劈瓦”。打败骷髅队，俩废柴会帮主角堵住2个巢穴，去右侧巢穴打倒最后一只宝可梦。进入洞穴深处，打败猫鼬探长（LV12），考验完成！得到一般Z纯晶和10个超级球，伊利马教主角Z招式使用动作，蛮帅哒~并告诉主角战斗中敌人能呼唤同伴帮助了。
13、出了洞穴遇见伊利马队长，让主角去找哈拉报告，这时库库伊来了，向主角展示如何用Z招式，展示完众人去3号公路附近寻找走散的莉莉艾。3号公路可得到美丽之羽和锐利鸟嘴。
15、前往利利小镇，路上有人求助到十克拉山丘抓岩岩狗。来到利利小镇，接受哈拉的大考验（LV14猴怪，LV14幕下力士，LV14好胜蟹），要速战，小心他的Z招式。战胜后又听到卡噗鸣鸣的叫声，完成大考验，获得格斗Z，哈拉教主角使用格斗Z的姿势。至此，美乐美乐岛上的考验全部完成！
17、到达阿卡拉岛的慷待市，见到岛屿女王丽姿和队长玛奥，阿卡拉岛有3个考验，阿卡拉图鉴激活，莉莉艾先去了时装店。阿罗拉观光中心的姓名鉴定师能给宠物改名字。可以到脸部镂空板露个脸，在时装店碰到莉莉艾，又拿小星云说事让我陪着她去生命遗迹寻找守护神卡噗蝶蝶。前往听涛酒店。
18、在听涛酒店前遇到德克希欧（LV15呆呆兽，LV16太阳伊布）和吉娜，对战后得到“基格尔德多面体”，可用来收集基格尔德这宝可梦的核心和细胞，她们建议主角去4号公路锻炼下。进入听涛酒店见到莉莉艾，因为刚才看到骷髅队躲了进来。注意酒店大堂左上能找到基格尔德细胞，被吸进基格尔德多面体里。吉娜来电说多面体就是细胞的核心巢穴，呃！收集所有的细胞吧
20、牧场的寄放屋能得到一枚蛋，放在队伍里等待孵化，把两只宝可梦寄放在这里可能生蛋，屋里的姐姐给主角招式机器10“觉醒之力”，并能帮宝可梦查看学会哪种属性的觉醒之力。屋子旁边能找到护符金币。进入5号道路，途中遇见骷髅队的格拉吉欧（LV17超音蝠，LV18属性：空），击败后得知格拉吉欧也认识哈拉，骷髅队出现，与格拉吉欧内讧后，都闪了。哈拉给了主角3个活力碎片后去了潺潺之丘。
21、在5号道路转转，能找到招式机器57“充电光束”，招式机器41“无理取闹”，PC中心能得到“要害攻击”，交换小约克可得到甜竹竹，帮助抓丑丑鱼的任务。以后打败5号公路所有训练师能和入口的考验支援者大叔对战。
23、通过6号公路，遇见也在进行诸岛巡礼的哈普乌，他带着重泥挽马正在和骷髅队理论，击败骷髅队（LV17催眠貘），与哈普乌相约皇家对战。先向左侧穿过草丛进入欧哈纳镇的角落，找到招式机器88“梦话”。前进！从皇家大道向上，看到格拉吉欧进入了皇家巨蛋。追进去遇到皇家蒙面人与哈乌、格拉吉欧进行4人对战，乱战后火焰队长卡奇出现，约定在维拉火山公园山顶等主角。唠叨几句皇家巨蛋4人乱战，规则是：包括主角共4名训练师出战，各拿出3只宝可梦对战，任何1人的3只宝可梦都挂了则对战结束，分数最高者胜。算分规则是按打到宝可梦数量和剩余宝可梦计数，数越多排名就越高，数量相同算小分，分别是打倒数量和剩余HP。输了也能得到1BP，可以在前台交换奖品。
25、从8号道路前往树荫丛林，进行玛奥队长的考验。第一个屋子里可以做帮以太基金会找童偶熊的任务。路上遇到阿克罗玛，赠送主角招式机器43“蓄能焰袭”，学会将对击败树荫丛林的霸主有帮助。注意在路上收集基格尔德细胞，奇迹种子。路中间右侧的化石复原所能找到雷之石，道路尽头的旅店客房全满，遇到格拉吉欧。PC中心下方的海边有胆小虫出没，需要有坐骑才能快速追上。进入这片水域能找到水之石，战胜跆拳道训练家。这时可以返回8号公路入口与美女对战了，胜利后能得到招式机器58“自由落体”。
27、向下进入5号公路，路左侧有基格尔德细胞，招式机器59“狂舞挥打”。打败训练家后，5号公路入口击败大叔可获得招式机器96“自然之力”。
29、出隧道沿9号道路前进，海边能找到命中强化。到达可霓可市，路边小铺有幸运熏香。在时装店看到丽姿留的信，让主角去生命遗迹找她，上二楼丽姿的房间找到基格尔德核心，吉娜来电让主角关注16号道路上的以太基地。海边的美女会给主角皮卡丘Z，并教给皮卡丘十万伏特，旁边找到进化奇石。
32、豪诺豪诺海滩可找到基格尔德细胞，可用长毛狗搜索清理海滩。还可以做清理海滩的任务，将6只券海参扔回海里，就能得到20000元，每天都能来做这个任务。
34、从马利埃庭园出来见到莉莉艾，主角陪着去图书馆找书，在料理店吃料理能得到4个心之鳞片，能用顽皮熊猫换小福蛋。服装店可以做捕捉托戈德玛尔的任务，完成得到10000元。在图书馆再次遇到哈普乌，在二楼见到莉莉艾。图书馆1楼得到招式机器76。
37、进入天文台，得到彗星碎片，进门左侧能找到基格尔德细胞。见到马玛内向主角介绍他研制的召唤霸主宝可梦的机器，然后就第一次使用机器拿主角练手。抹黑回答问题：1题回答宝可梦声音（LV27强颚鸡母虫）；2题回答洛托姆图鉴（LV27虫电宝）；3题回答虫电宝（LV27虫电宝）；4题回答霸主宝可梦（LV29锹农炮虫），从小马处得到电Z，老马给了钢Z。沿着公路下山，途中找到招式机器72“伏特替换”，10号公路找到基格尔德细胞。进入马利埃静市，汽车前找到基格尔德细胞。
38、前往马利埃庭园，见到库库伊博士正在和骷髅队论战，古兹马老大登场，开始战斗，击败古兹马（LV31具甲武者，LV30阿利多斯），库库伊给主角“炽焰咆哮虎Z”，将博士的面罩还给博士。莉莉艾和阿塞萝拉赶来。前往11号道路，路上找到招式机器74“陀螺球”。进入12号道路，再次遇到哈普乌，将重泥挽马加入到骑行装置，骑马就能走过荒地。路上能找到2个基格尔德细胞。到达乌拉乌拉后海滩，能找到基格尔德细胞。
39、在13号道路遇见哈乌，给了主角全满药。格拉吉欧出现透露骷髅队在找小星云，让主角保护好它。房车旁找到基格尔德细胞，房车里有招式机器12“挑衅”。
40、到达卡璞村，发现博士说的联盟已经开始建造了，村里能找到基格尔德细胞。进入15号道路的以太之家，见到阿塞萝拉，说莉莉艾和哈普乌在一起。左侧的房间能找到基格尔德细胞。出门看见骷髅队在纠缠莉莉艾，击败骷髅队（LV33催眠貘），莉莉艾给主角5个豪华球表示感谢。
41、PC屋前找到基格尔德细胞，沿14号道路黑色沙滩前进，沙滩尽头有基格尔德细胞，海中人工岛能找到招式机器30“暗影球”。进入旧址，接受阿塞萝拉的挑战。用宝可梦搜索镜能发现幽灵系宝可梦，跟着皮卡丘的指引前进。最后霸主宝可梦出现，击败后从阿塞萝拉处得到幽灵Z和10个黑暗球。
42、沿14号道路回到以太之家，途中再发现基格尔德细胞。以太之家前与骷髅队的布尔美丽（LV34大嘴蝠，LV35焰后蜥）对战，胜利后骷髅队放话在魄镇本部等主角。众人发现阿塞萝拉妹妹的猫鼬少被抢走，主角决定只身前往营救。前往15号道路的海边，遇到越橘，猜硬币正面朝上，巨牙鲨被添加到骑行装置中。骑上巨牙鲨冲刺就能冲碎海上的岩石，下海前往魄镇，海中小岛能找到招式机器93“疯狂伏特”。击败15号水路所有训练家，回到入口可以接受小考验（LV34钥圈儿，LV34盔甲鸟），获胜可得到PP极限提升剂。
43、到达16号道路。PC屋右侧是基格尔德研究室，见到吉娜和德克希欧，俩人向主角介绍了基格尔德的合成和分解方法。出来从研究室下面钻过去，能找到招式机器81“十字剪”。进入乌拉乌拉花园，注意发现2处基格尔德细胞。出口左侧是月轮湖，在祭坛里能找到招式机器03“精神冲击”。战胜花园所有训练师，与入口的训练师对战，获胜可得到“火焰宝珠”。
52、进入波尼大峡谷，见到哈普乌，击败后完成大考验。
53、到达月轮祭坛，哈普乌和莉莉艾赶来，恭喜主角完成第七个考验。主角和莉莉艾在祭坛两端吹奏太阳之笛和月亮之笛，光轮放射，小星云飞出，进化为索尔迦雷欧。莉莉艾要找母亲，索尔迦雷欧带上俩人进入了究极空间！在究极空间见到古兹马，他讲述着自己在这里痛苦的状况，称露莎米奈为了异兽已经沉溺无法自拔了。莉莉艾见到母亲，此时的露莎米娜享受着与异兽虚吾伊德的共处时光，对古兹马已经没了兴趣，莉莉艾怒斥母亲的自私。
55、到达拉纳基拉山，与格拉吉欧（LV52叉字蝠，LV52路卡利欧，LV53银伴战兽，LV52玛狃拉）对战，战胜后格拉吉欧告诉主角莉莉艾的夸奖。一路向上，路上有基格尔德细胞，招式机器13“冰冻光束”，冰Z，全复药。哈乌赶来要与主角决定谁第一个挑战联盟，哈乌（LV53雷丘，LV53水伊布，LV54树枕尾熊，LV54狙射树枭）全力出战，击败后得到3个活力块，下方找到基格尔德细胞。
